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gromacs教程-10-了解采樣

來源: 嗶哩嗶哩 2023-08-18 07:37:11

反饋投訴

怎么理解速度方程？

速度方程：我們前面已經給了力，速度，那么怎么運動，怎么求解，就會涉及到運動方程，通常我們也會設定好常用的運動方程給到大家，所以這個詞也是只需要大家了解

當需要非常精確的積分方法并采用溫度和/或壓力耦合時, 使用速度Verlet積分方法可能更好

(資料圖片僅供參考)

怎么理解初始速度？

初始速度：分子需要運動一個是給力，一個是給速度，初始速度是為了更好的讓體系能更加符合真實的情況，所以通常需要設定相關速度，在我們的軟件里會幫大家選擇通常使用的玻爾茲曼分布，這個大家需要深入學習可以去了解，目前就只是告訴大家有這么個東西。

怎么理解步長？

步長：步長指的是原子運動多長時間，我們得到相應的結果進行反饋給電腦再次進行計算，因為原子移動很快，所以不能步長不能設定的太長，用來保障計算的的精度

設定的步長太長了，就沒辦法判斷正確的移動軌跡

步長短了，就會加大計算工作量

為啥模擬模擬時間比眨眼還短？

時長為啥只有ns級別：因為你模擬的系綜都是微觀態，而這種微觀態的反應是通過時間來平均得到的，平均下來就是一點點了。因此你也會發現尺度越小，分析的物質速度越快，比如電子運動速度是明顯快于分子的，顯微鏡下看的物質運動速度會更慢。這個東西怎么理解，就是你的實驗小試幾個小時，中試是幾天，產業投放需要十幾天，因為分子多了，體系大了，速度也慢了

怎么理解幀數與軌跡？

幀數與軌跡：我們所以的分子動力學分析是基于分子運動軌跡來的，軌跡的展現就是幀數的數量，每個幀數會對應相應的時長，通常做分子動力學模擬時，一定要先預估好計算的時長，然后設定輸出的幀數，這樣能保障后續統計分析中不會出現幀數問題導致的分析失敗的結果。幀數少，則統計分析會出現失真，幀數多則會影響計算速度，同時太占存儲空間

就像動畫是一樣的，每次一幀，連在一起就可以看出動畫效果，我們也可以看出分子運動的軌跡效果

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